AUDISIS cuenta con metodologías y estándares de trabajo propios, que son consistentes con las normas y principios de auditoria generalmente aceptados. También dispone de personal especializado en sistemas de información, seguridad y Auditoría, y de herramientas de software y hardware para apoyar el uso de las metodologías.

Para el desarrollo de los trabajos AUDISIS empleará metodologías de propiedad de la firma, las cuales son consistentes con las "mejores prácticas de control y auditoria" recomendadas por los expertos, principalmente las recopiladas en los modelos COSO, SAC y COBIT:

AUDIRISK: Para la valoración y el análisis de Riesgos.

AUDISEG: Auditoria a controles Generales y la seguridad en Tecnología de Información.

AUDAP: Auditoria Integral a las operaciones de Negocio Automatizadas, centrada en riesgos potenciales críticos.

AUDICONTROL: Diseño de controles y administración de Riesgos operacionales.

AUDIPLANING: Para la planeación de las Auditorias, basada en riesgos críticos.

AUDISASTER: Para el desarrollo y la documentación de planes de continuidad del negocio.